在处理军民冲突事情的同时，商毅也没有忘记其他的工作。因为济南府是清军北回的必由之路，因此穆陵军攻克了济南府，清军必然要来复夺济南，这一战是势不可免了。
兖州府在济南府的正南方，距离和青州府差不多，也是四五百里左右，以清军的骑兵速度，也就是二三天的时间，就可以从兖州府赶到济南来，再加上收到消息和集合人马的时间。商毅对清军到来的时间判断是十到十五天左右，因此必须抓紧这段时间备战。
商毅首先还是派出了侦察队，向兖州府方向去打探清军的动向，做到事先掌握第一手军情，同时又命人迅速返回穆陵关和青州府，将第二批战争物资送到济南府来。
不过这时清军留在济南府的所有物资也初步清点出来，而所得的粮食、牲畜、钱财物资各方的数量之大，再一次令商毅感到了震惊。
在济南府甲屯集的粮食中，仅米就多达二十五万七千多石，还有面粉三万六千多石，另外还马匹牲畜的饲料七万五千余石。而牲畜方面，光是马就有四千五百多匹，其中有半数都是适当挽乘的战马，而牛骡驴猪羊等其他牲口共计达刭了三万二千余头。在钱财物资方面也毫不逊色：库存白银和留守清兵私藏白银相加，共计有一百零七万四千多两，黄金六千多两，珍珠一千六百八十余两，还有各色绸缎共二万三千七百余匹，缎衣和裘衣四千二百余领。各种器皿三千余件。
就这些东西，以穆陵军现在的规模，至少可以维持七八年时间，难怪拿到了统计结果之后，商毅都忍不住想大叫：“这下可发达了。”
当然商毅也知道，这些物资现在还并不能说就全归自己所有，因为以现在穆陵军的运输能力，想全都拉回穆陵关，少说也要两三个月的时间，如果济南府再被清军夺回去，那么一切神马就都真的成了浮云。因此为了这些东西，也要尽力守住济南。同时商毅也在准备车辆，能先运走多少，就运走多少。
另外在济南府里还发现了大量火铳，都是在此前清军入关的战斗中，还从明军那里夺来的，因为淸军不重视火铳，因此没有带走南下。现在当然也全部都被商毅接收了。包括有九十六支鲁密铳、三百三十八支三眼铳，六百八十六支鸟铳，一百八十七支轩辕铳，共计有一千二百一十一支火铳。另外居然还搜到了二十七支迅雷铳，和三十二支挚电铳。
迅雷铳和挚电铳与鲁密铳一样，都是由赵世祯发明的火铳，商毅早就听说过这两种火铳，但直到今天才见到。迅雷铳，号称是后世马克沁机关枪雏形的连发枪，其实就是将多个枪管连在一起，可以轮流发射，可以达到在短时间内，密集发射的效果。一般都是五支管铳连在一起，最多可以有二十二支管铣连在一起。
而挚电铳便神，这是赵世祯吸取了佛朗机炮的优点，又结合鲁密铳而创造出来的一种新型火枪，采用后装子铳的方式，可以算是最原始的后膛枪。而且子铳是预先装好，轮流装入枪管发射，可以加快射击速度，以“挚电”命名，就包含了这层意思，也和火枪未来发展的弹売分离的趋势相符合。
当然这两种火铳和鸟铳、鲁密铳甚致是燧发枪这类发展成熟的火枪相比，都还存在着很大的缺点，因此在现实的战场上，很少有人会使用。但商毅却知道，有缺点很正常，这是任何新式武器在发展过程中都会遇到的问题，但这两种火铳的发展道路是正确的，只要坚持发展下去，不断完善和改进，一定会成为未来的战场上的主流。
经过罗远斌等人的检查，一共有七百八十五支火铳可以使用，包括十八支迅雷铳和二十支挚电铳。另外有三百七十三支火铳基本废掉，只能当训练的模似枪用，另有一百一十二支火铳需要维修。不过在可以使用的十八支迅雷里，有十支五管，五支十二管和三支十八管。没有传说中最神的二十二管。
不过这也让商毅觉得非常满意了。到是穆陵军现在拥有的火铳数量增长的太快了,仅济南府里以经有一千六百多支各种可以使用的火铳，火枪兵又出现了缺口。
而在开完了审判大会之后，济南城里的秩序马上就恢复了正常，同时商毅还把在战场上收集到的五百多匹死马全都剥皮剔骨，给百姓们改善生活，每个人毎天还能分到二两肉吃。
虽然在第一天开饭的时候，居民中间还出现了一些哄抢行，但商毅对这种现像同样也不手软，立刻将带头哄抢的人抓了起来，给予重罚。在乱世重典之下，也是审判大会的余威犹在，百姓们也立刻都老实起来。而且商毅对百姓的食物也提供得十分充足，先来后到都能领到饭食，也没必要哄抢，因此后来毎次领饭的时候，居民们也都自觉排队，吃饭的秩序也好多了。
而在经过了仔细查点之后，被解救出来的百姓一共有十三万二千六百五十一人，男子为九万四千三百八十七人，女子为三万八千二百六十四人，而人口牛绝大多数都是少青壮年，五十岁以上的老人和十二岁以下的幼儿只有数千人。
统计完人口数量，商毅立刻向所有居民宣布，淸军不日就会来进攻济南，因此这里既将耍变成战场，因此要求所有百姓都迁移到青州一带去，在那边有人会安排他们的饮食住宿。
百姓们对清军自然还心有余悸，听了商毅的公告之后，也有些着慌，因此也都想退到青州府去，寻求安全。不过也有相当一倍份人愿意留下来，帮助穆陵军抵抗清军。也有人愿意加入穆陵军。这些人大多都是率先响应赵从夫和吴汉生号招，第一批出来反抗清军的百姓，他们觉得跟着穆陵军一起，可以有机会为亲人们报仇。
有人投军，商毅当然是欢迎，不过对投军的人也不是来者不拒，规定只接收年龄在十六岁以上，四十岁以下的男子。当然也对投军者的身高、力量、体能有一定的要求限制。这样一来，又淘汰了相当一倍份人，最终收录的，有一万二千多人。
另有六千多在适龄以内，但其他要求达不到的人，商毅也没有放弃，将他们全都暂时编为民军，责任维持治安，秩序的工作，等百姓开始迁移的时候，将由他们主要付责护送，返回穆陵关之后，再接受一段时间的系统训练，看看能不能达到从军的标准。
招集到了士兵以后，商毅立刻对他们开始了训练，同时又命人到穆陵关去，运一部份兵器和盔甲过来。
随后，商毅又招集那剩下的一千八百多名青州兵，直接告诉他们，对他们先前的过错，自己就不再追咎了，并且打算把他们和百姓一齐，全部都送回青州府去，自己己写了公文，将发生的事情说明，上报给青州府，至于府里怎样处置他们，那就与穆陵军没有关系。但如果有愿意留下来，和穆陵军一起抵抗清军的人，商毅也表示欢迎，并且保证在军饷和抚恤上都享受和穆陵军其他普通士兵一样的待遇，立功也能得到晋升，当然一定要尊守军纪，同时也要接受自己的训练。
经过了一天的考虑，有约一千多的士兵愿意留下来，接受训练，抵抗清军。因为他们也知道，青州府里对他们这次出击是寄予了厚望，希望他们能跟着穆陵军一起也立些功劳，好让知府大人长长脸。但现在虽然攻下了济南府，但青州兵却没立过一点功劳，还捅出了这么大的篓子，回去之后恐怕也好不了。到不如跟着穆陵军一起抵抗清军，说不定还能够立些功劳，弥补自己的过失。
而时他们虽然都是兵油子，但也并不是泯灭人性，这几天发生的事情，甴其是那天的审判大会，对他们还是有些触动，他们也想像穆陵军那样，活出个样子来。
其实吴汉生、周少桓等人对商毅收留这些青州兵也不是没有意见，因为这些青州兵都是兵油子，就是明朝最善练兵的戚继光也不愿训练兵油子，难道商毅能把他们改好了吗？
商毅当然不这么看，因为他知道，绝大多数的兵油子其实都是底层百姓出身，本质还是纯朴的，只是在一个大环境中，身不由己也粘染上了一些恶习，只要能够给他们一个良好的环境，用严格的军纪管束他们，用严励的训练来煅练他们，再通过一些思想教育的配合，一定能把他们改造好。
这一点在后世共和国创建的过程中，也得到过无数次的证明，无论是为鬼子效力的伪军，还是为花生米买命的国军，不管和我军对敌时怎样无能，但只要是转变成我军，经过一定的改造之后，都会马上脱胎换骨，立时就变了一个样。商毅相信，太祖那一批先辈在三百年后能够做到的，自己在三百年之前，同样也能做到。这一千多青州兵，就是自己的第一批试验对像。
而周少桓、吴汉生等人想想过去商毅做出的那些决定，也都无话可说了，只是在心里盘算，怎样在训练的时候，狠狠的修理那些青州兵，一直到把他们身上所有恶习都改过来为止。