不过商毅现在的工作重点依然是准备南下的平乱之战，因此各项行政生产工作都陆续安排了下去之后，商毅又开始关注军器司的工匠作坊。
在商毅去北京之前，曾经告诉过孙和鼎铁模铸炮法的原理，不过制做铁模，在一开始还是要先做好铁模的泥模，这时做好的泥模还沒有干透，因此暂时还无法制模铸炮。不过在此之前，孙和鼎以经做好了十个铸炮的泥模，这时以经都干透了，也就不要浪废，先利用起来再说。这时孙和鼎以经开始动土溶铁了。预计在商毅的人马出发之前，穆陵关自行铸造的第一批火炮就可以铸好了。
而在制造火枪的作坊里，阳玛诺正在对两台钻床进行仔细观察，寻找可从改进的地方,只是如果钻头的问题解决不了,无论怎样改进，生产效率恐怕也难以得到显著的提高，而商毅也没有告诉他,自己以经派人去开釆蓝宝石，可以用来做钻头使，因为现在还不是能不能开釆出来，等有了结果再说吧。
另外按商毅的预想，商家军的火枪应是燧发枪和火绳枪各占一半，因此这时火枪的生产也全部都暂停下来，全力进行对现有火枪的改造，同时也在制造一批可以在战场上有临时更换的配件。
商毅在铁匠坊里转了一圈，对孙和鼎的工作也十分满意，未来商家军的发展，全靠这几个小作坊的支撑了。
不过只有火炮火枪还不行，因为沒有火药，火枪火炮就是一堆废铁，因此火药生产的重要性，丝毫也不逊色于火枪火炮的生产制做。
现在穆陵关中不仅是火枪使用定装子弹，火炮也使用定装弹药。火炮的填弹远比火枪复杂，首先填入引爆的火药，压实之后，再填入一块泥饼，然后才填入炮弹，因为实心弹一般都是用火烧红才发射，以达到最大的杀伤效果，因此必需使引爆的火药与炮弹隔开，才不致于在炮弹填入之后，立刻引发火药的爆炸。而火炮的定装弹药首先要测试出各种火炮的填药量，并制做好相应尺寸的炮弹，然后才将炮弹、火药、泥饼全都包在一起。使用时再拆开分别填装。
而且火药是消耗品，使用火器为主要作战武器的最大坏处就是消耗太大，就算是不打仗，但为了保证士兵正常的训练量，毎天也要消耗大量的弹药。
按商毅的要求，每名新火枪手毎天要保证十五到二十次实弹射击训练，老火枪兵要保证十次实弹射击，而每一组炮手每天也要保证八到十次实弹射击训练，决不能打马虎眼。
由于火器的数量増加了一倍有余，这样算下来，每天要消耗的火药竟达到三千斤以上。同时还要生产手榴弹，火箭炮等投掷发射性武器，因此尽管商毅从北京带回来大量火药的生产原料，也经不起多少消耗。不过商毅也知道，对这一点不能吝啬，热武器时代的神枪手，神射手都是用子弹喂出来的。
孙和鼎也向商毅介绍，现在火药作坊也成为穆陵关里最大的一个工匠作坊，里面有高级技师八人，助理技师二十六人，初级技师九十三人，学徒二百五十七人。毎天都在加班抢功，制做各种火药。就算是晚上不能配制火药，但也做烧木碳，制硝，提纯硫磺这些工作。但就是这样，毎天的火药的产量还不到四千斤，仅仅只够维持毎天的训练量，关城里目前库存的火药仅仅只够应付一场战斗。因此火药作坊必须立刻扩大规模才行。
商毅了解了这些情况之后，立刻下令，马上把火药作坊的规模扩大一倍，招募临时的学徒工匠，一定要把火药的产量提升上去。扩大规模好办，只要是有厂房就行，现在百姓们都迁出了穆陵关，到各村定居，士兵者驻扎在城外，关城里主要是将官和工匠的家属，因此地方还是有的。而且现在最忙的播种时期以经过去了，旱季还有一个多月才到，进入一个相对的农闲时，招募工匠也不是问题。
而接商毅的命令之后，孙和鼎也马上开始着手扩大火药作坊的事务。
同时这次出兵要准备的不仅仅是枪枝弹药，因为这是商家军成军以后，第一次长时间远距离作战，将转战近两千里，俱体征战多少时间,甚致都难以确定。因此尽管商毅预备有运送后勤物资的人马，但大军出发也不可能轻装出行，将会携带大量辎重物资。那么各种车辆是必不可少的。
其实在明朝各种军用车辆以经十分发达，不仅毎一种大中型火炮都有自己的专配车辆，而且还有不少其他各种类型的车辆，有后勤运输，也有辅助作战，五花八门。也有将几种功能综合，即能运输，也能作战的战车。
因为火炮都是非常沉重的物品，由其是红夷大炮，往往重达数千斤，一号佛朗机炮也重达八百斤，平时的运输转移，全靠炮车夹装运，因此炮车也是火炮必不可少的配套工具。一门二千斤重的红夷大炮需四到六匹马才能拉得动，而一千斤的红夷大炮需二到四匹马。
由于近几十年来,明朝铸炮都有西洋传教士,甚致是西洋雇佣军的参与，炮车基本也都是仿西方的样式，釆用双高轮，后部有一根大斜尾椎的结构，不仅是支撑，还能起到一定的固定作用。基本是这个时代最合理的设计，只需要在一些仔细上稍做修改，就完全可以继续使用了。
改进的方法之一就是给炮车尾部增加一对活动车轮，在需要移动时装好车轮，这样就甴双轮车变成了四轮车，马匹在拉动火炮的时候，也能省力得多，而进入阵地之后，将尾部的车轮御下，尾椎依然支撑地面固定，就可以进行战斗了。
同时商毅还给毎辆炮车挂上一辆副车，用来装载每门火炮配用的定量弹药，这样一来弹药都跟着火炮走，避免进入战场之后，因为另外取用弹药而出现混乱。其实上这两个改进都是十八世纪的欧州军队用过，在拿破伦时代得到了广泛应用，现在被商毅提前了大半个世纪使用出来。
不过对商毅来说，除去火炮的专用车辆之外，都他辅助作战的车辆一率不要，只需要保留后勤运输车辆就行了。一来是因为制造这些车辆的时间来不及，二来商毅觉得这类战车基本都是华而不实，并沒多大的实际作用。
辅助作战的车辆大体分为两种，一是帮助构筑防守阵地，二是帮助攻打城池。戚继光就曾大量使用过辅助作战的车辆。不过商毅并不是藐视戚继光，只是他比戚继光多了四百多年的见识和阅历，自然知道有更好的方法，那就是挖战壕，叠土袋。后世的无数事实战例都证明，在进入热武器时代之后，战壕和土袋的结合使用，无论是在构筑防守阵地还是进攻城池，都远比华而不实的战车有效的多。
目前穆陵关里有大小车辆共计八百辆，其中有双挽马车二百余辆，单挽马车五百余，人力独轮推车二百余辆。在中国古代，马车基本都是双轮，欧州式的四轮马车虽然也出现过，但一直都没有普及开。
不过双轮马车和四轮马车各有优劣，谈不上谁好谁坏。四轮马车的优点在于运载量更大，同时在拉动的时候，不需要马匹承受支撑车体的力量，因此也更为省力。缺点在于转向不够灵活，对道路的要求比较大，而这又是双轮马车的优点所在。但随着时代的发展，道路交通的改善，四轮马车的优势还是会慢慢扩大。
商毅虽然曾经想过，制做大型四轮马车，不过考虑到这个时候明朝杯具一样的交通道路情况，还是决定放弃这个打算，以后再说。
这次出兵，将是以单挽马车和独轮手推车为主，在辅以少量双挽马车。在一般的情况下，一辆双挽马车的载重量可以超过一吨，也就是十五石左右。而一辆单挽马车的载重量约为五百到六百公斤，大约合八到十石。一辆人力独轮手推车，由一个正常的壮年男子使用，载重量约为一百五十到两百公斤，合二石到三石。
商毅经过计算之后，决定一个主战团将配备三百辆车，其中包括五十辆双挽马车，一百五十辆单挽马车，一百辆独轮手推车，总运输力将超过二千五百石，满负荷情况下，将可以超过三千石。将由双挽马车、单挽马车运载粮食、火药等较重的物资，而独轮手推车装载其他轻便物资。
而一个运输团将配备五百辆车，包括一百五十辆双挽马车，二百五十辆单挽马车，一百辆独轮手推车，总运输力在四千左右，满负荷情况下，将可以超过五千石。
但这样一来，目前穆陵关里的车辆大约只够装配两个主战团，运输团基本沒有剩下多少了，因此商毅也下令鲁石，让木工坊加紧抢工赶制，不过运输团可以晚一步出发，还有比较充足的时间。好在目前穆陵关里的马驴合计，有近万头，拉车侟牲口到是非常充足。
而最后一件事情就是新军服、军帽的制做，不过这也是最容易的事情，因为这个时代的妇女，人人都会几下手工制衣活，而商毅控制的人口中，有两万多名青壮年妇女，因此只要是有足够的布料，最多半个月的功夫就能全部完成。