尽管武昌城中的火势息灭，但这时整个城市以经被烧毁了大半，只有在城市的边缘，靠近城墙附近的一些建筑房屋才得以保全下来。而越是靠近城市的中心，就烧毁得越是惨重，由其是中心的两条主街，和楚王府的所在地域，是西军点火的地方，几乎彻底烧光，只剩下一堆还散发的腾腾热气的废墟瓦砾。
而武昌城中，本来有二十余万居民，然而到了现在却不足五万，其余全都葬身于火海之中。整个空气中也充满了呛人的焦糊、腐臭味道。既使是闻惯了战场上的硝烟硫磺味道，商家军的士兵们也觉得受不了，不少人都呕吐了起来。
在未来几个月以內，武昌城里是不能居住了，好在城外还有不少村庄城镇，西军在撤退的时候，只是抢掠一番，还来不及放火，因此也空出了不少房屋，商家军又搭建了一些帐蓬和简易窝棚，免强能让幸存的百姓都住下了。好在现在才是八月上中旬，天气还不算冷，百姓们还能免强支撑。
虽然士兵和百姓都安置下来，但在火灾中受伤的百姓多达数千人，绝大部份都是烧伤烫伤，有许多人的伤势都非常严重。而这个时代对烧伤烫伤的治疗手段不多，同时商家军也缺少医生和药材，尽管现有的医生都竭尽了全力，但在毎天都有人不治而亡。再加上几乎所有幸存的百姓都有家人葬身在火海中，因此毎天都能听到百姓的啼哭声音，整个营地，都十分凄惨。
看着这一番地狱般的情像，商毅也不禁苦笑不止，武昌城可以说是彻底破毁灭了，想要重建的话，至少也需要三五年的时间，同时还需要花费大量的人力、物力、财力才行，至于说完全恢复元气，那还不知道要等多久，十年，二十年都有可能。而自己原来想以武昌为核心，建立根据地的想法，恐怕也难以实现了，而没有了武昌府，汉阳府也失去了依仗，难以大用。
那么自己下一步怎么办呢？是取襄阳府还是取长沙府。不过商毅清楚，无论是襄阳府还是长沙府，都无法取代武昌府的优越条件。这才真是叫人算不如天算，想到这里，商毅心里也不禁对张献忠充满了愤怒。这时他穿越到这个时代之后，除了对清军那次入关奔袭之外，第一次如此的愤怒。因此才对周少桓下达了追击张献忠，死缠不放的命令。
但现在也没有别得办法，商毅又下令，将商家军的所有人马和物资都转移到长江以东来，一方面是便于集中管理，另一方面也是救济幸存的百姓。同时又写信给庐州的吴甡，催促他快把答应自己的物资送来，另外还要他再准备一批救济百姓的粮食、物资和药材。
而百姓们虽然都十分伤心，但对商家军却都十分感激，可以说如果没有商家军，就算自己能够逃出火海，也只有冻死、饿死一条路，那些像现在，好歹还有个安身之地，能够吃到裹腹的食物，伤员也有人在救治，在大明朝几曾见过这样的军队，因此百姓们对商家军的态度非常亲切。而商家军仁义之师的大名，也进一步在江南地区流传开广出来。
就在这时，周少桓派人回报商毅，二团在樊口附近追上了西军的断后部队，双方又激战一场，结果二团又一次把西军打得大败，不仅趁势夺取了樊口县，而且周少桓带兵追击，一路上连续追杀西军，一直到了铁山附近，直到遇上西军的接应人马，才算是收住了脚步。不过周少桓也怕自己弧军深入，不敢停留，只好又撤回到樊口县，同时也打探清楚了，张献忠的大军这时退到了大冶县暂时驻扎。因此又派人向商毅报告。
这时吴甡拔调给商毅的二万石粮草和其他物资也送到了武昌府来，而且商家军的物资、铺兵，后勤、俘虏也都相继到达了武昌，粮食和基本的生活物资，暂时都得到了保障。差不多同时到达的，还有从穆陵关运来的第二批物资，这次没有粮食，几乎全是弹药火器，仅手榴弹就达到五千颗，而各种霹雳火箭也达到两百个。商家军也重新装备齐全了。
不过加上汉阳府一战抓住的俘虏,现在商家军的俘虏以经达到了八千多人，又加上现在的四五万百姓，而打下武昌府之后，连一点物资都没有劳着，虽然现在有了二万石粮食，但连两个月都支持不到，虽然商毅也十分头庝，但也不能放任这些老百姓不管，因此也这能这么先对付着。
好在西军的俘虏明显比闯军的俘虏老实得多，因为西军中有大半都是刚入伙才几个月的士兵，先前都是农民，胆子还没有练出来，而且在战场上见识了商家军的火铳，也是打心眼里害怕，因此从一开始起就绵软得多，不过商毅依然按照对待闯军俘虏的方式那样，先互相揭发，找出头目，一率处死，给俘虏们一个下马威，然后将剩下的俘虏进行分配编组，开始强制改造，现在俘虏们的任务就里清理武昌城中的残骸。
当然让俘虏清理武昌城，到不是说商毅就打算重建武昌，而且给俘虏们找点事做，别老是闲着浪费粮食，吃饱饭动别的心思。另外尸体残藉留长了，也容易滋生病菌，造成传杂性疾病。其实商毅现在也有些茫然，不知道下一步该怎样走才好，是留在湖广，重建武昌，还是另找其他地方安身，一时之间，商毅心里也沒有一个好主意。只能走一步看一步了，好在收拾残局也费不了什么功夫，顶多就是让俘虏们出一点力。
收到了周少桓的通报之后，商毅立刻决定，先不管别的，追击张献忠再说。因为商毅知道，张献忠从武昌离开时，可是带了不少钱粮物资，金银财宝，现在自己这边正是钱粮紧张的时候，只好找张献忠打打秋风。商毅也不禁苦笑，穿越到这个时代快一年了，居然还是可要靠抢过日子。另外商毅对张献忠也实在是憋着一口气，这家伙太可气了，如果不狠狠教训他一顿，确定有些不甘心。
因此商毅立刻下令，命罗远斌带领五团留守武昌府，慢慢的收拾残局，同时又留下了一个侦察连和一个骑兵连给他，以防不测之用。随后商毅带领着三团和骑兵营，向东南出发，与周少桓的二团汇合，继续追击张献忠。
经过了一天的急行军，商毅的大军到达了樊口，两军汇合之后，立刻重新整顿出发，再一次到达铁山，逼近了大治县。
因为先前周少桓曾经打到了铁山，然后又撤回去了，因此张献忠还以为商毅就点到为止，也打算在大冶好好住几天，认真想想下一步该到那里去。那知商毅不但沒完，相反还亲自领兵又追上来。于是张献忠也不禁有些急了，而且想想也是，自己输给商毅那么多阵，汉阳、武昌两地也都让出来了，也够意思了，商毅怎么还沒完没了的，难到非要把自己赶尽杀绝吗？
这也欺人太甚了，泥人也有个土性，何况是纵横天下十几年的张献忠。虽然张南忠也知道了，商家军的实力超强，但商家军一共才七千多人马，而张献忠现在还有近十万军队，就算五个打一个不行，十个打一个总该够了吧，当初曹文迢够能打吧，经常是几千人撵着几万农民军跑，结果还不是让十余万农民军包围，来了个蚂多咬死象，弄得战死彊场。因此张献忠也决定，亲自迎战，到要看看这商家军倒底有什么厉害之处，他还真有些不信，商家军真能以一当十，以一顶百。
于是张献忠聚集了八万人马，剩下的三个养子孙可望、刘文秀、艾奇能也全都随军出战，来到铁山，迎战商家军。
而这一次商毅也不玩什么挖战壕的阵地战，也亮出了阵势，准备和西军来一次正面交战。打头一阵的，就是周少桓的二团。而张献忠也命刘文秀带两万人马出战。
结果双方把阵式亮开，互相对冲，但商家军以三段连射的方式布阵，轮番上前射击，同时在队伍里还夹杂着六门虎蹬炮，发射霰弹。原来周少桓发现，虎蹲炮如果发射霰弹，射程其时和火枪差不多，甚致还没有鲁密铳打得远。但虎蹲炮的最大优势就在于轻便，一个人就能扛得动，利于移动，因此与其把它放在火炮里面，不如于脆把它扔到火枪队里，当火力补充用。
虎蹲炮一次可以填一百到一百二十颗铁丸，一炮下去，少说也能轰死三四十名敌军，周少桓将六门虎蹲炮分成二批，轮流跟着排枪射击一起发射，结果使排枪射击的威力一下就增大了不少，只打得西军还沒有靠近商家军的阵列，就尸横遍野，死伤无数。西军的战斗意志本来就不强，连挨了几下打击之后，立刻就丧失了作战意志，转身就跑。
而这时商毅在主阵也以经布置好了炮兵阵地，一连串火炮猛击，直接打到了西军的主阵，顿时将主阵打得大乱，加上出战的军队也败退了回来，士兵们那里还有心强撑下去，跟本就不理张献忠的招呼，纷纷败逃下去。人马互相践踏拥挤，也伤死了不少。
商毅见状，也立刻下令，全军出击，向西军发动了全面的冲锋，而七万西军根本就不堪一击，顿时全部溃败了下去。