回到了武昌之后，以经进入九月，商家军到达武昌城外的时候，也受到了居民们的热烈欢迎，不少人在大道两边焚香膜拜，并且在几名有名望的老人组织带领下，牵羊担酒，迎献给商毅和商家军的一干将领。商毅自然也对百姓们好言安慰，也感谢乡亲们对商家军的拥戴之心。
尽管这时武昌城里依然是一遍废墟，但由于有商家军的五团在这里的组织管理，使幸存居民的生活还是有一定的保障，在城外的生治秩序也都正常有序，并没有出现混乱局面，相比于其他遭受战火洗劫的城地，武昌的居民以经算是十分幸运的了。因此还有一些在外逃难的百姓又返回到武昌城边安居，这个时候，在武昌城外，差不多以经聚集了近两万户居民。
商家军的老兵们对此以经习以为常了，但新归降商家军的李定国、沈云英还有他们部下的士兵，还有王夫之等人，却都感觉到十分惊异，他们从来没有想到过，大明的官军居然受到百姓这样的拥待。其由是李定国，这才是他心目中一支完美军队的形像。
王夫之也不得不对商毅赞叹道：“将军，当日学生在衡州，听闻商家军有仁义之师之名，还以为是夸大其辞，今日见民心如此，可见一斑。足见大人治军有法，不愧是当代名将。”因为他现在是商毅的幕僚，因此也自称学生。
商毅淡淡一笑，道：“先生过奖了，军队仍是保国、守境、安民之用，只有让军队报以这样的信念，在战场上才能奋勇杀敌，昔日岳家军、戚家军莫不如此。我只不过是是以古人为效。”
王夫之也笑道：“依学生看来，曰后商家军之名，必能与岳家军、戚家军并尊。”
军队驻扎下来之后，商毅下令，歇兵几天。因为这次追击张献忠的作战，士兵们在二十多天的时间里，来回奔走三千余里，可以说是十分废劳，需要有一个短暂的休息时间。至于浙江那边怎么样，那就不是商毅考虑的范围了。事实上在商毅心里，还希望叛军能多闹一些时间，沉重打击一下浙江地方的豪强势力，为自己进驻浙江减少一些阻力。
而且商毅也需要时间对整个队伍进行一些重新整编。因为从这次南下征战的过来看，商毅以经明显感觉到兵力不足。仅仅只是剿乱平叛的征战还可以，但想要守住占领的地方，就显得捉襟见肘了。而这次东进浙江，丿目地以经非常明确，就是长期占领，因此商家军要扩大规模，以经是在所难免了。
现在商家军南下以经快满三个月了，虽然经过连续作战，但人员的伤亡并不大，一共仅仅只阵亡了五百余人。但除去商家军南下的一万二千多人马，两千辅兵以外，现在队伍又扩大了不少。加上李定国和沈云英的部众，投效商家军的官军和农民军以经超过了两千人，同时罗远斌驻守武昌的期间，也有不少百姓愿意投军，目前以经招收了近四千人，现在全部都作为商家军的预备军，总计人数超过六千。
其中只有李定国和沈云英的部众，是刚刚投效商家军，其他人基本都接受了一段时间的正规训练，有相当一部份士兵接受训练的时间都超过了一个月。
另外现在商家军俘虏的闯军和西军人数合计也达到了一万三千多人，而且绝大多数的俘虏经过了一段时间的强制劳动改造之后，以经明显有了改变，开始懂得守规据，守纪律起来。态度也老实了许多。可见这套办法是颇有成效的。
不过目前来说，商毅还不能完全相信俘虏，因此扩军的对像还是在预备军和辅军中选拔。只是李定国和沈云英的部众因为是刚刚投降，还没有接受商家军的基本训练，尽管商毅对李定国寄于了很大的希望，但选拔制度是不能破坏的，否则就是对全军的不公平，这次他们都将不参加选拔。
想入选商家军的预备军并不难，只要四肢健全，跑、跳、耐力、力量达到一定的标准，就可以被选入，基本上来说，一个正常的成年男子都能达标。但想成为商家军的正式士兵，标准就要高得多了，在基本素质中增加了许多阻碍设置，如翻越高墙，爬坡，跨越、匍匐行进，负重奔跑等等，还有一些枪刺、徒手格斗等武技的考核。而且十分严格，一点通容的于地都没有。
不过经过了选拔之后，还是有三千多名预备军顺利的通过了考核，成为正式士兵。原来投奔商毅的几名明军的军官，冯进、章一平、吴礼林也都顺利通过了考核。商毅对这次选拔的结果也十分满意，这说明罗远斌在驻守武昌的这段时间里，在训练新军上花了一番心血，因此也对罗远斌大加表扬。
不过成为正式士兵并不表示就能马上形成战斗力，还要进行整编和一定的阵形、团队作战、局部小队作战以及火枪射击的训练。商毅首先挑选出一部份考核成绩优秀的，填补了三个主战团的伤亡缺口，同时又将骑兵营增扩了三个骑兵连和一个侦察连。
杨武丞的骑兵营本来就是扩大编制，有五个连，扩编三个连之后，实际是两个营的编制，总计兵边为一千七百一十四人，仍是杨武丞出任营长。这次南下，侦察营只出动了两个连，由副营长吴汉生带队，现在扩大到了三个连，商毅将他们定编为侦察二营，由吴汉生出任侦察二营营长。
这样一来，剩余的新兵只能组成三个营，商毅将这三个营暂时编入到三个主力团中，三个新营的各级军官一部份由考核成绩优秀的新兵中选拔，也有一部份是从三个主力团中抽调，冯进、章一平、吴礼林都当上了连长，也是新兵中官职最高的人。但三个新营的营长全部都是由老兵担任，以达到以老带新的目地。
而落选的和新加入的预备军合计约还有二千五百多人，商毅将他们也编成三个营，李定国、沈云英，还有另一名原明军的把总刘远报出任三个营的营长。
虽然这一次李定国和沈云英没有参加选拔，但他们都亲眼目睹了商家军选拔正式士兵的全过程，因为整个选拔的过程即严厉而又公平，选上的固然高兴，选不上的也无话可说。只能怨自己平时训练不足。说穿了中国人其实都是不患贫，患不公。因此两人也对商毅佩服的五体投地。
整编完毕之后，商家军的总兵力接近一万六千人，加上预备军和辅兵，总计有两万多人。与刚南下时相比，兵力增加了三成多，对实现商毅立足浙江的目地，基本足够了。
随后商毅才下命，整理钱粮物资。准备东进。
这时南下收获不小，主要是从张献忠身上狠狠的发了一笔横财，共计获得了白银七十余万两，粮食十多万石。不过由于武昌的难民消耗巨大，而且安置居民也花费了巨大的钱粮费用，因此总计花耗了十万多两白银，两万多石粮食。另有马匹近四千匹。这也是商毅要扩大骑军营的重要基础。同时还拥有大小船只一百三十二艘。因为武昌到南京正好是沿江而下，因此商毅也决定，船只用来装运钱粮物资，士兵沿江步行。
不过得知商家军要离开武昌，居民都来见商毅，忍请商家军留下来继续保护武昌府，百姓们纷纷下拜，哭声盈野。连不少商家军士兵也都十分感动。
几名受百姓公推出来的老者跪在商毅面前，叩头不止，道：“商将军啊！我们这辈子也没有见过你这样的好官，你这一走，要是贼寇再杀回来，我们可怎么办啊！你就留下来吧，就留在武昌府别走了。”
王夫之在一边看得十分感动，也劝道：“乡亲父老们，你们放心吧，商将军另有重任在身，不得不离开，而且朝廷会马上派遣地方官员来管理武昌，也就和我们留下来一样。”
有一个老人听了，道：“王先生，这年头朝廷的官员那一个不是只想贪污发财，有谁会管我们这些百姓的死活，上那儿还去找商将军这样的好官。他这一走叫我们怎么活下去呀！”
王夫之听了，心里也只能苦笑，他虽然没有做过官，但也知道这个老人说得一点都不假，现在就是这样的世道。
商毅心里也被弄得酸溜溜的，只好道：“各位乡亲们，你们的好意我都知道，其实我也不想离开武昌府，可惜我并不是湖广的官员，只是平乱到这里来，如今朝廷有令下来，我也不得不离开。不过张献忠以经被我们赶跑，谅他也不敢回来了，你们就放心在武昌安居，重建家园吧，我会给你们留下一些钱粮，曰后如果有缘，说不定我们还会再回来的。”
众人听商毅这么说，也知道挽留不住，只好一个个都向商毅叩首告别。随后商毅又下令，给每一户人家发放五两白银、五斗粮食，至少可以保证他们未来二三个月之内的生活。
大军启程之后，还有不少百姓们跟在人马两侧，一直送出十几里地。