官都封完了，就该封武将了因为现在北方并不安定，清军己经攻入了北京，而大顺军虽然被清军所败，但仍然还有数十万人马，这两股势力对南明都存在着相当大的危胁，因此这不仅仅是给众武将加官进爵,同时也要布置南京的守卫防线
经过史可法等内阁大臣商议决定，在长江以北的淮、扬、徐、泗、凤、寿、滁、和等地设立四镇，由刘泽清辖淮州、海州，驻守淮北，并经理山东一带高杰辖徐州、泗州，驻守泅水，经理开封、归德一带刘良佐辖凤阳、寿州，驻守临淮，经理陈州、杞州一带黄得功辖滁州、和州，驻守庐州，庐、巢、经理光州、固州一带同时封黄得功镇南候，高杰兴平候、刘泽清东平候、刘良佐广昌候每镇额兵为三万人，本色米二十万，折色银四十万，并悉听各镇自行征取而且如有收复原之地，则该地受其管辖
同时史可法又上疏自请，督师江北也被朱由崧当殿批准
在后世的一些说法，都认为这是史可法的又一个大失误，轻易的就赋予了四镇兵权以及行政权力，终于酿成了武将拥兵自重，不尊朝廷的局面，而自己又轻率的离开南京的政治心，将朝廷的大权拱手让给了马士英
但从当时的情况来看，这也是不得以的事情，首先由于在朱由崧登基之前，史可法写给马士英的那封数朱甴崧“七罪”的信被马士英交到朱由崧手里，做为打击史可法的实证，因此史可法也清楚，自己留在朝，也难以取得朱由崧的信任，而四镇都各掌重兵，又立有拥立之功，肯定是要给予实质性的奖励，就算史可法不提，马士英也会提出，那还不如由史可法主动提出来，对四镇加以笼络，然后自己在督师江北，如果能够收伏四镇，也是达到削减马士英羽翼的目地而且朝廷的大部份位置都被东林党人占据，就算史可法离开南京，东林党也能控制得住局面
江北四镇设立之后，南明还有其他三股武将的势力，为湖广的左良玉、广东的郑芝龙和浙江的商毅弘光朝廷加封左良玉为宁南候，驻守江、辖湖广之地，加封郑芝龙为安南伯，驻守广东，其弟郑鸿逵为靖鲁伯，驻守镇江，部将郑彩为总兵分管水师但怎么加封商毅，却让马士英觉得很难办了
现在商毅的势力范围是浙江，这也基本得到了弘光朝的认可，因为商毅带回了崇祯的遗诏和玉玺，无论马士英怎么不愿意，也要对他加封，但商毅已经是挂将军印的总兵，又是临邑候，如果再向上封，只能晋公爵或是出任南京五军督都府的职务，再不就是加三公一类的虚衔
但这三个方案都难让人接受，出任南京五军督都府的职务，就意味着商毅要进驻南京，马士英是万万不能答应的，而另外两项，除了在明朝开国期间，还从来没有过那个武将能够获得这样的殊荣，就连戚继光也在晚年以后，才获得一个加封少保的虚衔，连封候都沒熬到，因此就是一些倾向于接纳商毅的东林党人，接受不了商毅这么年轻就晋升公爵，或加三公一类的虚衔
最后还是吴甡提出了一个方案，就是让商毅出任浙江巡抚这个方案也得到了內阁其他官员的一致同意，因为巡抚不比公爵、三孤三公一类的虚衔，毕竟只是普通的地方大员，虽然在一般的情况下，巡抚只能由官来充任，但现在毕竟是非常时期，由武将出任也未偿不可，而且现在浙江己经就是商毅的势力范围了，让他担任浙江巡抚也只不过是正试承认他在浙江的地位罢了
当然这也是商毅私下里向吴甡提出的要求商毅并不在乎什么虚名，别说是封个国公，就是封王又能怎么样呢？沒有一点实质性的作用自身的实力才能决定一切，当初商毅带兵南下，只不过是个参将，像当时刘佐良、黄得功这样的总兵，还不是老老实实听他的
因此在官位上，商毅其实看重浙江巡抚一职，因为巡抚才是可以主管一方的军政财大权的官员，虽然浙江是商毅的势力范围，但实际受他控制的，只有五个府，对其他地方的控制力量还不够，这也是商毅要驱逐王维如等人的一个重要原因当然用武力去强行控制这里地方到也不是不可以，但会落得一个专横拨扈的名声，有损于自己的声誊因此商毅如果能够获得浙江巡抚的职位，就能够名正言顺的控制浙江全省，并推行自己制定的各种制度，减少许多不必要的麻烦
最后朝廷才下旨加封商毅为督都同知，出任浙江巡抚同时商家军的诸将也都得到了一次提升，周少桓和成进都晋见为副将、其他团长都晋升参将、团级军官都升为游击将军
而崇祯的另一份，为商毅和朱媺娖指婚的遗诏，到是没有引起多少争议，一来是皇帝的女儿，爱嫁谁嫁谁，虽然商毅己经娶妻纳妾，但关自己什么事；二来各方势力都顾着在朝争权夺利，谁还在乎这个因此这门婚事也得到一致的通过只不过崇祯架崩，按制度朱媺娖是要守孝三年，实际为二十七个月，等孝期满了以后，才能够和商毅举行婚礼
不过就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇祯的遗诏和玉玺都己经送到了南京，君也己经登基继位，自己的任务也己经完成，因此不愿住在南京，请求能够带着朱媺婕，在外地安置定居
这个要求到也合情合理，因为朱媺娖和朱媺婕到底不是朱由崧的亲生女，朱由崧本身也是有儿有女的人，因此她们留在皇宫也多有不便
而马士英也觉得，朱媺娖和商毅己是未婚的夫妻，留在南京说不定还成为商毅的耳目，还是把她们姐妹两送出南京也好一些，而吴甡也受商毅的委托，也极力赞同，并且建议，把朱媺娖和朱媺婕送到苏州安置，甴任的苏州织造太监朝赞周伺奉，理由是苏州本来就是个宜于居住的好地方，而且离南京近，朝廷也好就近照看
其实这个时候，苏州发生的生丝收购事情也早就传到了南京，只不过现在南京的大臣们谁都没有空来管苏州的事情不过谁都知道，苏州也算是商毅的势力范围，因此把朱媺娖、朱媺婕姐妹送到苏州安置，其实就是送到商毅的手里不过朱媺娖和商毅早晚也是夫妻，这样安排到也沒有什么不妥的
商毅接到自己晋升的圣旨之后，也下令将抓获的王维如一行人放了，当然是美其名曰交给马士英来发落马强在当了十几天俘虏之后，这一次也幸运的又逃脱了出来
皇帝也有了,众大臣该封的也封，该赏的赏了，但这也并不就等于从此之后，南明朝廷就太平无事了，事实上多的麻烦才刚刚开始，首先是北方还不安定，大顺军、清军都是南明的敌人，现在清军己占领北京，而大顺军败走陕西，南明坐收江淮，但在三者之间，河南、山东等地带，还存在着一个巨大的缓冲地区，三方势力在这里犬牙交错，怎样处理这一地区，可是一个重要的问题，而比这个问题重要的，还有为崇祯办理丧事，以及崇祯的庙号、追谥等等事宜
而对第一次权力分配并不感到满意的各集团，也围绕着这些问题，在朝廷，又开始酝酿着一轮的争吵斗争
同时也有相当一部份官员对南京朝廷、对任的皇帝，对东林党都感到了相当的失望，因此也纷纷弃职而去，山东总督曾化龙，也就是其之一而另一位山东大员布政使孟宏恭则暂时没有封给官职，在杭州闲居，等南京朝廷选出的山东巡抚之后，仍然回山东上任
在曾化龙离开南京吋，商毅也去送他，两人相对半响，却都没有说一句话最后曾化龙才说了一句：“好自为之”然后扬长而去
商毅看着他远去的背影，也不禁苦笑不已，事实上南明南京朝廷的条件,比历史上南渡的东晋、南宋在立国初期的条件都要好得多，不仅有一套完整的行政机构，还有相当数量的军队，因此在北京被攻破不到两个月的时间里，就组成了一个结构完善的政权糸统
然而南明南京朝廷却没有像东晋、南宋一样坚持下来，就在于立国之初时，底就没有打好，表面上部门齐备，一应俱全，但在实际上矛盾重重，为争权夺势，置国事于不顾以致于江河日下，国土沦丧在另一时空里，南明南京朝廷只坚持了一年，而商毅自问，在这个时空里，又能坚持多久呢？