屯齐是次和商家军交战，这时才算是明白，为什么以豫亲王多铎、饶余贝勒阿巴泰这样的清廷名将，也会惨败在商家军的手里，假如说在这次沿江东进的过程中，任何一个地点有商家军驻守，清军想到攻克，都必须付出极大的代价才行。
而和商家军处于同一阵营的黄得功更是无比惊讫，虽然在两年多以前，他曾与商家军一起和李自成的大顺军交战过，但和那个时候相比，商家军的战斗力已经提升了好几个层次，无论是火枪的射击度还是射程，以及火炮的配置和使用，都不可同日而言。可以说如果没有装配足够的火器，恐怕任何一支军队都无法和商家军作正面的抗衡。
不过清军到底人数众多，既使是付出了千余人的代价之后，但刘良佐的人马加入之后，数量也远远的过了商家军的兵力，而且现在又没有地雷的打击，可以全力投入进攻，因此清军也在逐渐向商家军的阵线逼近过来，但每前进一步，都要付出相当的代价。
因此这时屯齐心里也不禁生出了退意，他的军队可没有备配火器，在商家军这种密集火力的打击下，损失实在太大了，虽然像这样靠人垫，也有可能会最终取胜，但也未免代价太大了，而且只为攻下一个并沒有太大战略价值的朱家营，实在是太不划算了，要知道现在消耗的可都是八旗的精锐人马。
当然如果在战斗的一开始，屯齐知道自己是会和商家军作战，那么他一定不会这样冒冒失失的就动全面的进攻，至少也会把刘良佐的军队放在前面去充当炮灰，这也是刘良佐这一万五千人马的价值所在，不然他的人马又不是什么精锐之兵，带这么多有什么用，如果只需要找人带路的话，只用带刘良佐一个人也就够了。
但就在屯齐还犹豫不决的时候，在战场的左右两侧杀声大起，各有一支军队分从清军的两肋冲杀了过来。原来是李定国见战场上的时机己到，立刻下令，命第九师的另二个团从清军的侧翼杀出。
第九师在商家军的九个步兵师中，是唯一一个没有配置中重型火炮的兵步师，所辖的十四、二十、二十一三个团全都是标准的步兵团，只配备了随团的中小型火炮，因此九师并不善于打攻坚或守卫阵地的战斗，但却是最适合进行野战的部队。
其中二十团的团长李本深、二十一团的团长李成栋都是归降商家军的新人，李本深还参加过江淮战役的后期战斗，而李成栋却是第一次代表商家军作战，这时也都攒足了劲，希望能在这次的战斗中，有好的表现，因此在李定国下达了进攻的命令之后，两人指挥着各自的队伍，也向清军动了猛攻。
同时李定国也下令，守卫阵线的十四团也出击，从正面对清军动进攻。而黄得功一见，也立刻下令自己的人马，跟在商家军后面，一起进攻。
在江准战役结束的这半年多的时间里，进攻作战、野战都是商家军的重点训练项目，因此现在全军的整个作战能力都提升了一个层次，士兵们在向敌军动进攻，还没有和敌军接触的时候，前排的士兵在射击完之后，就会立刻放缓脚步，让身后的战友冲到前排去射击。而自己一边前进，一边填充弹药，准备第二次射击，这样一来也形成一个波浪似的进攻，一层推一层。
在离敌军只有二十步的距离时，在射击完之后，一率不许在填充子弹，前排的士兵准备与敌军进行白刃格斗，而后排的士兵则用手榴弹攻击敌军，在扔完手榴弹之后，立刻冲到前面去用刺刀作战，这层层叠进，远近结合，给敌军造成连续不断的打击。
而现在正好是检查训练结果的时候。在商家军这种能够充份挥火器作用的战术面前，单纯依靠冷武器作战的清军显然无法招架得住，尽管清兵的个人战斗力并不逊色于商家军的士兵，但仍然被打得连连后退，进攻的势头也立刻被揭制了下来。
清军本来在进攻时就己经受到沉重的打击，士气大落，现在又加上左右的肋部又遭到商家军的袭击，在这样三路夹击之下，跟本就无法抵抗，立刻全军败了下来。
虽然屯齐还想指挥一下全军^H ，败而不溃，退而不乱，但刘良佐一见现在战场上败势己定，立刻挥出过去将明军一败即溃，一退即逃的老传统，立刻拔转马头，向后就跑。而他手下的士兵也都是同样货色，谁也不管什么队型秩序，把武器一扔转身就跑，而且一边跑还一边大喊道：“跑啊，跑啊，晚了就没命了。”
结果这种溃败的情绪也立刻传遍了全军，连一向听从命令的满汉旗军也不顾屯齐的指挥，慌不择路的逃跑。只气得屯齐在马上顿足捶胸，因为屯齐一直跟着阿济格作战，入关以来也都是一帆风顺，在打顺风战的时候，原明降军的表现还很不错，甚致可以用勇猛来形容，但从没有经历过降军遇到逆风战的样子，因此也完全没有思想准备，这时也无可奈何，只好跟着败军一起败逃。
而李定国和黄得功见清军败走，也率领着人马，随后紧追不舍，一直追击了十余里，直到清军都退进了大胜关之后，才算收住了脚。
这一战一共杀死清军六千余人，其中满旗军占了近一半以上，还俘虏了千余人，另外还夺马二百余匹，可以算是一个大胜仗，而黄得功也终于出了一口气恶气，看来以后还是要跟着商家军作战，才能弄几口汤喝。
在单简清理完战场之后，李定国和黄得功才带领着人马，从朱家营撤退，一直退到南京城聚宝门外的聚宝山边，才驻住了人马，进城去向商毅报功。
朱家营大捷的消息，迅在南京城里传开了，整个南京也都沉浸在一遍喜悦之中。而南京朝廷上下在惊喜之余，也不得不承认，现在整个南方还确实还是只有商家军靠得住。
而且胜利总是最能够鼓舞人心的，南京城中也立刻安定了不少，许多本来己经打算离开南京逃难的居民也决定先留下来，再看一看情况再说，毕竟不是万不得己，谁都不希望离开自己的家园，总之南京整个气氛，都因这次胜利而为之一变。
商毅当然知道，这一次胜利仅仅也只是起到鼓舞士气，安定人心的作用，并不能从根本上改变目前的大局，保卫南京的任务，依然十分艰巨。先下令，命李定国带领九师，驻扎在石城门外的莫愁湖畔，而黄得功部驻扎在正阳门外的山川坛边。聚宝门只留一个步兵旅驻守。
然后商毅又找到史可法和吴甡，把自己守卫南京的计划也原原本本都告诉给他们，当然隐瞒了玄皇教的存在，只说自己打算分兵两部，保卫南京城。不过请他们暂实不要把这个作战计划泄漏出去。
史可法和吴甡虽然对商毅的这个计划并不完全理解，因为在他们的意识里，守城就是要把敌人拒之在城门之外，如果让敌军攻入城中，城池也就被攻破了，但他们都是见过大阵仗的人，也知道现在的局势，并不会因为朱家营一胜而改变，而且基于对商毅的信心，同时两人也确实拿不出什么好办法来，因此现在也只能选择相信商毅了。
得到了史可法和吴甡的同意之后，商毅也立刻在南京城中开始布置起来。
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屯齐在朱家营败阵之后，人马退守到大胜关里，好在是商家军只追到了关前，就立刻撤军了。这也让屯齐总算松了一口气，不过现在他也不敢轻易率军出击，只好守在大胜关里，然后派人给阿济格送信。
接报之后，阿济格也十分吃惊，这时清军的江南人马主要都聚集在池州府和太平府一线，正准备逐步清扫应天府的外围地区，也全面进攻南京作准备。而刚刚收到了回报，觉罗巴哈纳率军已经攻取了宁国府，但现在广徳州有明军驻守，因此没有继续进军。而现在商家军己经在南京城中驻守，看来顺利的时候己经过去了，硬仗马上就要开始了。
现在阿济格有两个选择，一是直接出兵，进攻南京。因为在攻取了宁国府之后，清军的侧翼也得到了保护，暂时到是不用担心，但南京本是坚城，又有商家军守卫，恐怕并不好打，一但久攻不下，宁国府再出点意外，那可就危险了；二是暂时不进攻南京，进攻广德州，继续清扫应天府的外围。这样一来虽然稳妥一些，但会给商家军守卫南京，集结兵力留出大量的准备时间，如果攻不下南京，外围清的再干净也没用。
一时间阿济格也犹豫不决，就在这时，忽然有人送来一份密信。阿济格接过来看完，也不由大喜，立刻下令，大军动，向南京进军。