八月二十六日，太子朱由校召见百官，宣布光宗皇帝驾崩的消息，同时与乾清宫中接受百官朝拜，继承大统。
紧接着，当天下午，京师城门关闭，全城大索，无数锦衣卫缇骑出动，开始抓人，文官、太监、勋贵、武将，都在他们抓捕范围之内。是日，京师萧条，百姓闭门不出，整个街上只有锦衣卫和羽林军轰隆隆的行军声。
羽林军除了两百骑兵留在身边护卫外，其他的都被朱由校派了出去，一千人在宫内搜捕清查，两千人出宫弹压各方卫所以及京营。至于剩下的一千名额，则是这次政变的伤亡人数了。
那晚的战斗，直接让羽林军减员四分之一，不过也正是这一晚上的直面生死，将其历练出来，成为一直铁军，敢于直面箭雨，能够顶着弓箭冲锋。任谁看了现在前后两者不同的状态，都会发出一声惊叹。
正是因为如此，孙承宗仅仅靠着两千的长矛兵，就威压住京城附近数十卫所和三大营――接掌军权，搜捕叛逆。当然，此时朱明正统之名深入人心，朝廷威严尚在也是重要的原因。
从二十六日到二十九日，三天之内，整个京师都处于风声鹤唳当中，街道上都是抓人的缇骑，直到三十日，这个风潮才淡下来，京师才开始恢复平静，各种店铺开始开门营业。当然，也有很多店铺关门的，这都是牵连到了这次政变当中。
这三天，朱由校没有搬到乾清宫去，而是依然住在了羽林军的驻地。当然，现在这里已经改成了医院，三四百号的伤病将这里给占据了。
一千的伤亡当中，死亡人数有六百多人，剩下的都是各种不同的创伤，被后来的锦衣卫收敛，送到了这里。人数不多，以前的营房完全够用。
在羽林军的驻地当中，一直有个一个太医和几个学徒，这是朱由校从建军开始时就弄过来的，一直到了现在，受到了朱由校整整五年的熏陶，那名姓高的太医对于这种战场外伤救治极为擅长。
在伤兵到来后，朱由校就将整个太医院的太医都给弄过来，给高太医打下手，而后又将一些年老色衰、干犯宫廷规矩的宫女过来，充当护士，照料伤员。南丁格尔的名字和事例朱由校还是知道的，良好的护理能将伤员死亡比例降到极低。
往日阳刚肃穆的军营，此时却多了一道靓丽的风景线，无数身穿白衣的宫女在房屋间不停的穿梭，照料着各处的伤员，一些先到的护士身边还跟着几个人，这都是后面送来的，跟着一起学习。
宫女本就是在皇宫中伺候人的，如今充作护士，过来照料病人，那更是在合适不过的了。能当上宫女的，长的都不差，无数丽人在此，就算是有病也先好上了三分。
对于这些过来伺候照料自己的护士，羽林军伤兵们心中都是充满了敬重的，见到她们每个人都是规规矩矩的，这不光是开始朱由校的严重警告，更是这些质朴的士兵们本性所决定的，他们本就不是什么油滑刁钻之人，根本不会把这些丽人当成什么营妓之类的。
当然，好色之徒在那里都有，不过在朱由校当场杀了一个出言不逊，调戏宫女护士的伤兵后，所有人顿时心下凛然，没有什么坏心思的收到了警醒，有龌龊想法但还没实行的顿时被吓得一干二净。
自家好不容易祖坟上冒了青烟，跟上了太子，获得了平叛从龙之功，可不能就这么随便的死了≡那之后，这些伤兵见到护士后，无不毕恭毕敬，不敢有半步逾越。
“呼~总算是解决了护士的来源。”巡视完后，朱由校看着眼前的景象，满意的长出了一口气。他这些天一直没有离开这里，一方面是慰问伤员，稳定军心，另一方面也是监督护士制度的实行。
军医系统他肯定是要在军中推行的，这不仅能减少非战斗减员，也能更好的稳定军心，增强军队的战斗力。而作为推行的第一站，他必须过来把关，时时监控查看，防止出现什么有伤风化的事情。
也幸亏他亲自坐镇，一些不好的苗头被他用杀戮及时制止，不然的话，他的这套做法想要推行下去，必然还有好多波折。
借着兵变这个混乱之机，朱由校已经能够放心大胆的推行一些新的事物和制度了。而最初的改革，他决定从宫女和太监入手，这些人从名义上都是他的家奴，不归外廷管辖，只有他一个人有权利处置，如此一来自然便捷。
即便是有如此便利条件，他也只能从有罪者着手，以惩罚的名义进行。其他清白之身的宫女，一提这事情以为是为营妓，那真是哭天抢地，宁死不从。由此看来，革新求变，改变人的观念当真是艰难。
“可以去处理其他事情了！”再次巡视一遍后，朱由校终于可以放心的离去了，这座临时的战地医院已经步入正轨，不论是伤员、护士，还是太医，都已经找到了点感觉，慢慢的开始适应现代医院制度的运行。
来到乾清宫后，朱由校又开始处理各种事项，大大小小的太监捧着各种文书奏折，等着他批阅。
相较于宫女，太监的死伤可谓是极为惨重，西李杀了一波，朱由校杀了一波，逃了一波，自相残杀了一波，清查皇宫时，因为各种罪名又抓了一波。不过，紫禁城中太监实在是太多了，就算如此大肆杀戮了一批，到得最后，经过甄别后，身家清白无大错的太监依然还剩七千人。
三千多太监的死伤，可谓是这次政变中最大的伤亡了，比围攻他的禁军死的还多。不过这对于朱由校来说确实一个好事，他本就像裁掉所有的太监，如今一下子少了这么多人，让他省了好多事。权利交接中出现了政变死人是不可避免的，对于他来说，死太监总比死平明百姓要好的多。
经过这次政变后，紫禁城的太监数量逐渐减少，朱由校也在登基之后，诏令天下禁绝太监入宫，自那之后，太监制度慢慢消亡，在后世的史书中，这场征兵除了正统的红丸兵变名称外，还有另一个名字――太监之衰。
当然，这都是后话，此刻不表。从剩下的七千人中，朱由校筛选了一些读过书，机灵能干的，集中起来教授文字算数和账务知识，这些人他以后有用。在挑剩下的，就充当劳役，维护皇宫的运转，再剩下的，他就全部都送到天宫作坊，那里以后必然是要扩大的。
太监他以后是不会在招了，现在有的就先用着，然后就这么顺其自然，让它们自然而然的消失。至于以后随侍身边的，用来代替司礼监拟旨制诏的部门，朱由校以后打算仿照汉朝，设置郎官，用功臣子弟来充当，而皇宫的维护，一是使用郎官文书仆役等，二是交给羽林军。
对于他这个现代人来说，使用军队维护重要建筑的运转是在正常不过的了，而这这也也有助于培养羽林军士兵的忠心和荣誉，作为普通的小兵，时时刻刻能接触到皇帝，这些隐形的东西自然而然的就高了。
花了几天将宫内的事情理顺后，朱由校的目光至于放到了外廷。而这一看，登时让他吓了一跳。红丸兵变谋逆人数，两万四千八百六十二人。
而这还只是京城一地抓捕的人数，地方上还有很多人没抓呢⌒细看过之后，朱由校才恍然，这其中包括了当时围攻他的禁军，这些禁军和他们的家眷一起就占了一般还多，怪不得牵连人数如此之多。
“命骆思恭将首恶、从恶、以及牵连之人甄别出来，同时将人员的年龄、性别以及身体劳力情况进行分类，制成表格，呈递上了。”朱由校沉吟了一会，便做出了决断。
他一边说，刘若愚一边就迅速的书写着，如今经过多年的发展，在大明的能工巧匠的高超技术下，木制的钢笔早就做了出来，甚至就连纯钢质地的钢笔也有，这些都是大匠们一点点用手磨制出来的，产量很小。
不过这也让刘若愚欣喜若狂了，鹅毛笔虽好，但写着断断续续的，而毛笔太慢，根本跟不上殿下……不………陛下的要求。
操着钢笔，刘若愚飞快的写着，在朱由校说完后，他也将将写完，而且字迹清晰端正，不见一丝凌乱，细细看去，隐隐间还有着些许独特的神韵，让人看着十分舒服。写完后，刘若愚便将文书呈递过去，请朱由校过目。
朱由校一看，未语先笑道，“若愚，你这硬笔书法写的是越来越好了，大有自成一派宗师的气象啊，不错，不错。”说完，他扫了眼文书，便交给旁边的另一个太监用印，然后送往锦衣卫大堂。
“硬笔书法？！”朱由校的说法让刘若愚心下一动，似乎明悟了什么，但似乎又什么都没想明白。不过自那之后，刘若愚在钢笔字上面下了极大的功夫，还辛苦收集各种碑文，作为参考。